農業・農家の確定申告 Q&A「農業の所得を確定申告しなかったら どうなる?」。土間に置かれた出荷用のコンテナと、精算書をはさんだバインダー、卓上カレンダー

農業・農家の確定申告 Q&A

農業の所得を確定申告しなかったら どうなる?

公開 2026年8月13日 |監修 小野 好聡(公認会計士・税理士)

お答えします

本来の所得税に加えて、無申告加算税延滞税がかかります。割合は、税務署の調査の事前通知が来る前に自分から出したか、調査を受けてから出したかで変わります。出荷や交付金の記録は相手方に残りますので、早く動くほど軽く済みます。

本記事には広告(アフィリエイトリンク)が含まれます。リンク経由でサービスを利用された場合、当サイトに紹介料が支払われることがありますが、ユーザーが追加費用を負担することはありません。

解説

くわしい解説

期限を過ぎてから出すと、税金に何が足されるか

申告していない年があると、あとから出す申告は期限後申告になります。納める所得税のほかに、無申告加算税が課されます。

その割合は、いつ出したかで決まります。調査の事前通知を受け取る前に自分から出したときは5パーセント。事前通知の後で、調査による決定を予知する前に出したときは10パーセントが起点となり、令和6年1月1日以後に法定申告期限が到来するもの(令和5年分以降)については、納付すべき税金のうち50万円を超え300万円までの部分に15パーセント、300万円を超える部分に25パーセントが当たります。

調査を受けてから出したときや、税務署から決定を受けたときは15パーセントが起点で、50万円を超える部分に20パーセントが当たります。300万円を超える部分の30パーセントは、こちらも令和5年分以降です。

調査の事前通知の前に自分から出した場合が5パーセント、事前通知の後で決定を予知する前が10パーセント、調査を受けた後や決定を受けた場合が15パーセントとなり、後の二つには50万円を超える部分と300万円を超える部分に高い割合が適用されることを示した図。
無申告加算税の割合は、期限後申告をいつ出したかで三段階に分かれます。

遅れた分の延滞税と、隠したときの重加算税

あとから出す申告では、提出した日が納期限です。収穫した年から時間がたつほど、納付の日までの延滞税が積み上がります。

出荷の一部を除いて申告したときや、精算書を作り変えたときは、無申告加算税に代えて重加算税が課されます。その割合について、国税通則法68条2項は納付すべき税額の百分の四十と定めています。なお、調査で決定があるべきことを予知せずに提出したときは、条文の括弧書きによって重加算税の対象から外れます。

帳簿づけが追いつかないまま期限を過ぎたのか、事実を隠したのか。ここで扱いが分かれます。

出荷先と交付金の側に、記録が残っている

農協や市場へ出荷すれば、相手方には精算書の控えが残ります。直売所や量販店との取引も同じで、支払った側の帳簿には、こちらの氏名と金額が記録されています。

国税通則法74条の2第1項1号ハは、所得税の調査で質問や帳簿の検査ができる相手として、納税者本人のほかに、その人へ金銭の給付をする義務があったと認められる者を挙げています。出荷先の側から確かめられる仕組みが置かれているということです。

交付金や補助金を受けている場合は、支払った行政の側にも記録があります。受け取った年に収入として計上しているかどうかが、後から突き合わせられます。

さかのぼる5年分に、どの資料が要るか

更正または決定ができるのは、法定申告期限から5年です(国税通則法70条1項)。偽りその他不正の行為により税額を免れていた場合は、7年になります(同条5項1号)。

さかのぼって計算するときは、農協の精算書、直売所の売上明細、交付金の通知を年ごとにそろえます。通帳の入金と突き合わせると、抜けが見つけやすくなります。

経費の側は、種苗・肥料・農薬・燃料の伝票と、農機の購入時の書類です。農機は取得価額を各年の減価償却費として配分しますので、買った年が古くても、その年の書類が要ります。

法定申告期限を起点に、更正または決定ができる期間が5年、偽りその他不正の行為により税額を免れていた場合は7年であることを、長さの違う二本の帯で示した図。
更正や決定がさかのぼる期間は5年、偽りその他不正の行為があった場合は7年です。

いま出すと、どこが変わるか

連絡を受ける前に自分から出せば、割合は5パーセントにとどまります。法定申告期限から1か月以内に出していて、税金の全額を法定納期限までに納めているなどの要件を満たすときは、無申告加算税はかかりません。

期限内に出していれば使えたものもあります。青色申告特別控除には、その年の確定申告期限までの提出を要件とする枠があります。

天候や相場で赤字になった年も、申告しておく意味があります。青色申告をしている方の純損失の繰越控除は、損失が生じた年分の確定申告書を提出し、その後も連続して提出していることが条件です(所得税法70条4項)。この条文が求めているのは申告書を出していることで、期限内であることまでは要件に入っていません。期限後の申告でも、青色申告をしていて申告書がそろっていれば繰り越せます。赤字の年を飛ばすと、そこで繰越が途切れます。

一次情報

根拠となる法令・通達・タックスアンサー等(原文)

所得税法 第70条第4項(純損失の繰越控除の適用要件)(抜粋)

 第一項又は第二項の規定は、これらの規定に規定する居住者が純損失の金額が生じた年分の所得税につき確定申告書を提出し、かつ、それぞれその後において連続して確定申告書を提出している場合に限り、適用する。

出典:e-Gov法令検索(デジタル庁)(https://laws.e-gov.go.jp/law/340AC0000000033)/2026-08-12 取得時点
根拠法令等:所得税法(昭和四十年法律第三十三号)第70条第4項/第1項は青色申告書を提出する居住者の純損失、第2項は被災事業用資産の損失等に係る繰越控除
第1項から第3項まで、および第5項は省略しています。

国税通則法 第68条第2項(重加算税)(抜粋)

 第六十六条第一項(無申告加算税)の規定に該当する場合(同項ただし書若しくは同条第九項の規定の適用がある場合又は納税申告書の提出が、その申告に係る国税についての調査があつたことにより当該国税について更正又は決定があるべきことを予知してされたものでない場合を除く。)において、納税者がその国税の課税標準等又は税額等の計算の基礎となるべき事実の全部又は一部を隠蔽し、又は仮装し、かつ、その隠蔽し、又は仮装したところに基づき法定申告期限までに納税申告書を提出せず、又は法定申告期限後に納税申告書若しくは更正請求書を提出していたときは、当該納税者に対し、政令で定めるところにより、無申告加算税の額の計算の基礎となるべき税額(その税額の計算の基礎となるべき事実で隠蔽し、又は仮装されていないものに基づくことが明らかであるものがあるときは、当該隠蔽し、又は仮装されていない事実に基づく税額として政令で定めるところにより計算した金額を控除した税額)に係る無申告加算税に代え、当該基礎となるべき税額に百分の四十の割合を乗じて計算した金額に相当する重加算税を課する。

出典:e-Gov法令検索(デジタル庁)(https://laws.e-gov.go.jp/law/337AC0000000066)/2026-08-12 取得時点
根拠法令等:国税通則法(昭和三十七年法律第六十六号)第68条第2項/過少申告の場合の第1項、不納付の場合の第3項、加重措置の第4項は別掲
第1項(過少申告の場合)、第3項(不納付の場合)および第4項(過去に無申告加算税等を課されている場合の加重)は省略しています。

国税通則法 第70条(国税の更正、決定等の期間制限)(抜粋)

第七十条 次の各号に掲げる更正決定等は、当該各号に定める期限又は日から五年(第二号に規定する課税標準申告書の提出を要する国税で当該申告書の提出があつたものに係る賦課決定(納付すべき税額を減少させるものを除く。)については、三年)を経過した日以後においては、することができない。

 更正又は決定……その更正又は決定に係る国税の法定申告期限(還付請求申告書に係る更正については当該申告書を提出した日とし、還付請求申告書の提出がない場合にする第二十五条(決定)の規定による決定又はその決定後にする更正については政令で定める日とする。)

 次の各号に掲げる更正決定等は、第一項又は前二項の規定にかかわらず、第一項各号に掲げる更正決定等の区分に応じ、同項各号に定める期限又は日から七年を経過する日まで、することができる。

 偽りその他不正の行為によりその全部若しくは一部の税額を免れ、又はその全部若しくは一部の税額の還付を受けた国税(当該国税に係る加算税及び過怠税を含む。)についての更正決定等

出典:e-Gov法令検索(デジタル庁)(https://laws.e-gov.go.jp/law/337AC0000000066)/2026-08-12 取得時点
根拠法令等:国税通則法(昭和三十七年法律第六十六号)第70条第1項・第5項
第1項第2号・第3号、第2項から第4項まで、第5項第2号・第3号は省略しています。第1項第1号は表形式のため、左欄と右欄を「……」で区切っています。

国税通則法 第74条の2第1項(当該職員の所得税等に関する調査に係る質問検査権)(抜粋)

第七十四条の二 国税庁、国税局若しくは税務署(以下「国税庁等」という。)又は税関の当該職員(……)は、所得税、法人税、地方法人税又は消費税に関する調査について必要があるときは、次の各号に掲げる調査の区分に応じ、当該各号に定める者に質問し、その者の事業に関する帳簿書類その他の物件(……)を検査し、又は当該物件(……)の提示若しくは提出を求めることができる。

 所得税に関する調査……次に掲げる者

イ 所得税法の規定による所得税の納税義務がある者若しくは納税義務があると認められる者又は申告書を提出した者

ロ 所得税法第二百二十五条第一項(支払調書及び支払通知書)に規定する調書、同法第二百二十六条第一項から第三項まで(源泉徴収票)に規定する源泉徴収票又は同法第二百二十七条から第二百二十八条の三の二まで(信託の計算書等)に規定する計算書若しくは調書を提出する義務がある者

ハ イに掲げる者に金銭若しくは物品の給付をする義務があつたと認められる者若しくは当該義務があると認められる者又はイに掲げる者から金銭若しくは物品の給付を受ける権利があつたと認められる者若しくは当該権利があると認められる者

出典:e-Gov法令検索(デジタル庁)(https://laws.e-gov.go.jp/law/337AC0000000066)/2026-08-12 取得時点
根拠法令等:国税通則法(昭和三十七年法律第六十六号)第74条の2第1項第1号
第1項第2号(法人税等)から第4号まで、および第2項以下は省略しています。柱書の括弧書きと第1号イの後段は「……」で省略しています。

国税庁 タックスアンサー No.2024 確定申告を忘れたとき(抜粋)

所得税法では毎年1月1日から12月31日までの1年間に生じた所得について、翌年2月16日から3月15日までの間に確定申告を行い、所得税を納付することになっています。

しかし、期限内に確定申告を忘れた場合でも、その事実を把握した際には、できるだけ早く申告するようにしてください。この場合は、期限後申告として取り扱われます。

また、期限後申告をしたり、所得金額の決定を受けたりすると、申告内容等によっては、納める税金のほかに無申告加算税が課されます。

加算税

1 税務署からの調査の事前通知の前に自主的に期限後申告をした場合

税務署からの調査の事前通知の前に自主的に期限後申告をした場合は、納付すべき税金のほかに、納付すべき税金に5パーセントの割合を乗じた金額の無申告加算税がかかります。

2 税務署からの調査の事前通知の後に期限後申告をした場合(調査による決定を予知する前の期限後申告)

(1) 税務署からの調査の事前通知の後に期限後申告をした場合(調査による決定を予知する前の期限後申告)には、納付すべき税金のほかに、納付すべき税金に10パーセントの割合を乗じた金額の無申告加算税がかかります。

ただし、納付すべき税金が50万円を超えている場合、その超えている部分については15パーセントの割合になります。

また、令和6年1月1日以後に法定申告期限が到来するもの(令和5年分以降)については、納付すべき税金が、50万円までの部分は10パーセント、50万円を超え300万円までの部分は15パーセント、300万円を超える部分は25パーセントの割合になります。

3 税務署の調査を受けた後に期限後申告をした場合(調査による決定を予知した期限後申告)

(1) 税務署の調査を受けた後に期限後申告をした場合や税務署から申告納税額の決定を受けた場合には、納付すべき税金のほかに、納付すべき税金に15パーセントの割合を乗じた金額の無申告加算税がかかります。

ただし、納付すべき税金が50万円を超えている場合、その超えている部分については20パーセントの割合になります。

また、令和6年1月1日以後に法定申告期限が到来するもの(令和5年分以降)については、納付すべき税金が、50万円までの部分は15パーセント、50万円を超え300万円までの部分は20パーセント、300万円を超える部分は30パーセントの割合になります。

5 期限後申告であっても、次の要件をすべて満たす場合には無申告加算税はかかりません。

(1) その期限後申告が、法定申告期限から1か月以内に自主的に行われていること。

(2) 期限内申告をする意思があったと認められる一定の場合に該当すること。

なお、一定の場合とは、次のイおよびロのいずれにも該当する場合をいいます。

イ その期限後申告に係る納付すべき税金の全額を法定納期限(口座振替納付の手続をした場合は期限後申告書を提出した日)までに納付していること。

ロ その期限後申告書を提出した日の前日から起算して5年前までの間に、無申告加算税または重加算税を課されたことがなく、かつ、期限内申告をする意思があったと認められる場合の無申告加算税の不適用を受けていないこと。

延滞税

期限後申告によって納める税金は、申告書を提出した日が納期限となりますので、その日に納めてください。

また、この場合は、納付の日までの延滞税を併せて納付する必要があります(延滞税の計算方法については、こちらを参照してください。)

出典:国税庁ホームページ(https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/shotoku/2024.htm)/令和7年4月1日現在法令等
根拠法令等:所法120、通法18、35、60、66、通令27の2、措法94、平28改正通法附則54③、令4改正通則法附則20②、令5改正通則法附則23③
加算税の2(2)・3(2)(過去に無申告加算税等を課されている場合の加重)と4(帳簿の提示等がない場合の加重)、および作成コーナーの案内は省略しています。

国税庁 タックスアンサー No.2072 青色申告特別控除(控除を受けるための要件と申告期限)(抜粋)

55万円の青色申告特別控除

この55万円の控除を受けるための要件は、次のようになっています。

(1)不動産所得または事業所得を生ずべき事業を営んでいること。

(2)これらの所得に係る取引を正規の簿記の原則(一般的には複式簿記)により記帳していること。

(3)(2)の記帳に基づいて作成した貸借対照表、損益計算書および所得の金額の計算に関する明細書を確定申告書に添付し、この控除の適用を受ける金額を記載して、その年の確定申告期限(翌年3月15日)までに当該申告書を提出すること。

(注4) 還付申告書等を提出する方であっても、55万円または65万円の青色申告特別控除の適用を受けるためには、その年の確定申告期限(翌年3月15日)までに当該申告書を提出する必要があります。

65万円の青色申告特別控除

この65万円の控除を受けるための要件は、次のようになっています。

(1) 上記「55万円の青色申告特別控除」の要件に該当していること。

(2) 次のいずれかに該当していること。

イ その年分の事業に係る仕訳帳および総勘定元帳について、電子帳簿保存(下記<参考>参照)を行っていること(※注1)

ロ その年分の所得税の確定申告書、貸借対照表、損益計算書等の提出を、確定申告書の提出期限までにe-Tax(国税電子申告・納税システム)を使用して行うこと(※注2)

10万円の青色申告特別控除

この控除は、上記「55万円の青色申告特別控除」および「65万円の青色申告特別控除」の要件に該当しない青色申告者が受けられます。

出典:国税庁ホームページ(https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/shotoku/2072.htm)/令和7年4月1日現在法令等
根拠法令等:措法25の2、措通25の2-1、電子帳簿保存法2、4、5
概要、注記(注1)から(注3)まで、電子帳簿保存の参考説明、および10万円の控除の注記は省略しています。

※引用は原文のままです。読みやすさのため改行位置を調整し、一部を抜粋している箇所があります(編集・加工を行った部分)。最新の内容は必ず出典元のページでご確認ください。

農業・農家の場合

農業・農家の場合、ここが分かれ目

年金や給与のほかに農業の所得がある方は、その分だけを見て「赤字だから申告は要らない」と考えていることがあります。所得の計算には、収穫して家庭で消費した分や、親族へ渡した分も収入として入ります。手元に現金が残っていない年でも、計算すると所得が出ていることがあります。

親から農地と機械を引き継いだ年は、申告する人が途中で変わります。引き継いだ日より後の出荷が、こちらの農業所得です。機械の減価償却は、被相続人が使っていた取得価額と経過年数を引き継いで計算しますので、古い購入時の書類も一緒に探しておくことになります。

※実際の取扱いは業態・契約・実態により異なります。個別の判断は税理士または所轄税務署にご確認ください。

相談先

判断に迷ったときの相談先

ここまでの線引きは、実際の契約や業務の実態によって結論が変わります。 判断がつかない支出がある、金額が大きい、過去分もさかのぼって直したい——そうした場合は、早めに専門家に確認したほうが結果的に安く済みます。 依頼先の探し方は大きく 2 通りあります。

全国の農業・農家が確定申告を相談できる税理士を無料で紹介してもらう — 税理士ドットコム トップページのスクリーンショット

推奨

運営:弁護士ドットコム株式会社(東証プライム上場)

税理士ドットコム

全国 6,800 名以上の税理士から無料で紹介を受けられる、東証プライム上場企業運営の税理士マッチングサイト。料金や得意分野で比較可能。

こんな方に:事業所得・不動産所得・相続など複雑な申告がある方

税理士ドットコムで無料相談する →

全国の農業・農家が記帳代行や確定申告書の作成を料金明示で比較する — ココナラ 確定申告・税務サービス検索結果のスクリーンショット

運営:株式会社ココナラ(東証グロース上場)

ココナラ

スキルシェアマーケットプレイス最大手。リンク先は確定申告・税務のカテゴリで、記帳代行・確定申告書の作成代行・スポット相談などのサービスが「スキル」単位で出品されており、対応範囲・料金・納期・レビューを商品ページで比較できます。

こんな方に:決算だけ・1 期分だけといった単発の依頼を、明示価格で比較したい方

ココナラで確定申告サービスを探す →